En 1986 Flores Aráoz se inscribió en el Partido Popular Cristiano (PPC), del cual fue uno de sus principales dirigentes hasta que, por discrepancias con Lourdes Flores Nano, renunció a dicha organización el año 2007.
Se ha desempeñado como regidor de la Municipalidad de Lima Metropolitana (1987-1989), diputado por Lima (1990-1992), y miembro del Congreso Constituyente Democrático (1992-1995).
Además, fue elegido congresista de la República (1995-2000, 2000-2001 y 2001-2006), representante Permanente del Perú ante la Organización de los Estados Americanos (2006-2007), y Ministro de Defensa (2007-2008).
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